ANYS 2000

Durant la primera temporada del nou mil·lenni, la 2000/01, l'equip va estar comandat per mític entrenador espanyol Luis Aragonés, amb el qual l'equip aconsegueix la tercera posició dins de la Primera Divisió Espanyola, amb el rècord de 71 punts, de manera que aconsegueix classificar-se per a la temporada 2001/2002 de la Lliga de Campions. Igualment, aconsegueix rècord de gols (61) i de victòries (20) i encaixa el menor nombre de derrotes a Primera (7) .                                                                                                                                                                                                                                                   Abans de la temporada 2001/2002, Luis Aragonés decideix no renovar per anar-se'n a l'Atlètic de Madrid i en el seu lloc es fitxa a Bernd Krauss. El club aconsegueix classificar-se per a la Champions League, després d'eliminar en la pròrroga al Hajduk Split. El resultat de l'anada va ser de 1-0 a Split, i de 2-0 a Palma, amb gols d'Etoo i Luque.7 L'11 de setembre de 2001 el Reial Mallorca fa història i disputa el seu primer partit de Lliga de Campions de la UEFA a l'estadi de Son Moix (actualment Iberostar estadi) on va vèncer 1-0 a l'Arsenal Football Club amb gol de Vicente Engonga de penal. Tot i que el Mallorca va aconseguir guanyar a tots els seus rivals, no va poder passar a la següent fase, aconseguint 9 punts (els mateixos que el 2n classificat, però amb pitjor diferència de gols).                                                                                                                                Després de perdre per 0-4 davant el Schalke 04, Bernd Krauss va ser destituido.8 El següent entrenador seria Sergio Kresic, 9 però tampoc acabaria la temporada ja que el 29 d'abril va ser cessat i substituït per Tomeu Llompart a falta de dues jornades, amb l'equip en plena lluita per la permanencia.10 Els resultats van ser un empat 0-0 al Santiago Bernabéu i la victòria a casa per 2-1 contra el Valladolid, el que va permetre romandre la sisena temporada consecutiva a Primera División.11 Durant la temporada 2002/2003, amb Gregorio Manzano a la banqueta, el Reial Mallorca va guanyar la Copa del Rei disputada a Elx davant el Recreativo de Huelva per un total de 3-0, amb un gol de Walter Pandiani i dues de Samuel Eto ' o.12 l'alineació del partit va ser la següent: Leo Franco, David Cortés, Poli, Nadal, Fernando Nen, Harold Lozano, Álvaro Novo, Albert Riera, Ibagaza, Eto'o i Pandiani. També van jugar Marc, Campano i Carlos. En aquest partit es van mobilitzar més de 15.000 mallorquinistes, sent el rècord de seguidors vermells desplaçats per presenciar una trobada del Reial Mallorca fora de l'illa. A la Lliga, el Mallorca va quedar en novena posició. Va registrar la seva millor ratxa, de set victòries consecutives, i va guanyar en els estadis de l'Athletic Club, FC Barcelona i Reial Madrid, incloent una golejada (1-5) a aquest último.                                                                                                                                                                                  La temporada següent, 2003/2004, Gregorio Manzano va deixar la banqueta vermellenc per anar-se'n a l'Atlètic de Madrid, en el seu lloc va arribar l'entrenador portuguès Jaume Pacheco.14 A causa del mal inici de temporada aquest va ser destituït en la jornada nº 6 després de perdre amb l'Albacete Balompié per 2-1 al Carlos Belmonte, i després d'una nova interinitat de Tomeu Llompart, el seu substitut va ser Luis Aragonés.15 el Savi va aconseguir la permanència amb l'equip mallorquí a falta de tres jornades, guanyant el Reial Madrid a l'Estadi Santiago Bernabéu per 2-3.16 També aquesta temporada va jugar la Copa de la UEFA arribant fins als vuitens de final on va ser eliminat pel Newcastle United.                                                                                                                                      La temporada 2004/2005 s'havia dissenyat amb Luis Aragonés a la banqueta, però la dimissió d'Iñaki Sáez li va donar l'oportunitat de dirigir a la Selecció espanyola de futbol i en el seu lloc va arribar Benito Floro.17 L'inici de temporada va ser dolent i en la jornada nº8 va ser destituït amb l'equip situat a la 19a posició. L'entrenador que va arribar per substituir-va ser Héctor Cuper, 18 però els resultats no van millorar molt. A la jornada nº31 l'equip estava situat a la 18a posició a 11 punts de la salvació després de perdre a casa amb el Reial Saragossa a falta de set partits; fins i tot l'entrenador va reconèixer que era pràcticament impossible salvar-se, però allà va començar el miracle de la salvació, coincidint amb l'enfonsament del Llevant Unió Esportiva.                                                                                                                                     El Mallorca va guanyar al Numància, Espanyol, Athletic i Esportiu i va empatar amb el València, Osasuna i Betis a l'última jornada aconseguint la permanència, aconseguint superar el Llevant que tenia 12 punts més que els mallorquinistes i que només va sumar 3 punts dels últims 30 possibles al final de temporada.